Com base nos seus comentários, sugiro que haja alguma combinação de corrupção no arquivo svg original e possivelmente um bug no Inkscape. Ao abrir o arquivo, ele é capaz de compensar e exibir, mas realmente não entendeu tudo ou corrigiu o erro, e salvar faz com que essa discrepância afunde-se completamente. Obviamente isso não deve acontecer, e se o svg original é realmente da WikiCommons e, portanto, não privado, eu sugiro que você post no rastreador de problemas do Inkscape .
O trabalho de copiar / colar provavelmente funciona porque obriga-o a examinar e reescrever cada objeto e qualquer objeto que esteja correto provavelmente será descartado inteiramente.