Tem certeza de que foi um 'diff' desse arquivo e do arquivo anterior?
Eu pergunto porque se dois desenvolvedores trabalharem na (s) mesma (s) linha (s) do mesmo arquivo, o segundo cvs commit
pode fazer com que o cvs deixe duas versões da (s) mesma (s) linha (s) no lugar, com linhas extras > > > > > ' ou '< < < < <' neles.
Faça cvs log thefileinquestion
e veja como é o histórico de confirmações. Você pode ver o problema lá.