O limite de tamanho é controlado pela opção apt APT::Periodic::MaxSize . Você pode exibir seu valor atual usando o seguinte comando:
apt-config dump | grep Periodic
Para definir o tamanho, edite ou crie o arquivo /etc/apt/apt.conf.d/99local-archive e qualquer uma das seguintes linhas:
APT::Periodic::MaxSize "<size_in_MiB>";
APT::Periodic::MaxAge "<days>";
APT::Periodic::MinAge "<days>";
Veja /etc/cron.daily/apt para comentários sobre as opções disponíveis e a transição de APT::Archives::* . (O Ubuntu 14.04 envia /etc/apt/apt.conf.d/20archive , que define APT::Archives::MaxSize . Quando eles fazem a transição para APT::Periodic nesse arquivo, será importante que você coloque as alterações locais em um arquivo com um número maior.)
Isso define o tamanho máximo do cache no MiB. Se o cache é maior, os arquivos do pacote em cache são excluídos até o tamanho requisito é atendido (os maiores pacotes serão deletados primeiro).
Certifique-se de fazer isso em todas as máquinas que montam o diretório.