você precisa fazer uma rotina na pós-instalação do pacote que copie o conteúdo do que você precisa colocar na casa do usuário
Algo parecido com isto:
# For every user in /home/ ...
for HOME_U in /home/*?; do
# Obtain the username
USER=$( basename ${HOME_U} )
# In case the user is active (exists in /etc/shadow) ...
if [ $( grep -c "${USER}:.*:.*:.*:.*:.*:::" /etc/shadow ) == 1 ] \
&& [ $( grep -c "${USER}:.*:.*:.*:.*:.*:/bin/.*sh" /etc/passwd ) == 1 ] \
&& [ -d ${HOME_U}/.config ] \
&& [ -d ${HOME_U} ]; then
# Making sure .config/your-package/ exists
mkdir -p /home/${USER}/.config/your-package/
# with appropiate permissions
chown ${USER}:${USER} /home/${USER}/.config/your-package/
# copy what we need
cp /etc/skel/.config/your-package/x.conf /home/${USER}/.config/your-package/
cp /etc/skel/.config/your-package/y.conf /home/${USER}/.config/your-package/
cp ... /home/${USER}/.config/your-package/
# with appropiate permissions
chown ${USER}:${USER} /home/${USER}/.config/your-package/x.conf
chown ${USER}:${USER} /home/${USER}/.config/your-package/y.conf
...
fi
done
Espero que você possa usá-lo.