Sim, há uma grande diferença entre eles. O que você pode configurar no menu "Startup Applications" são todos os aplicativos executados depois que o usuário faz logon em seu ambiente de trabalho. E scripts sob /etc/init.d
são scripts de inicialização do sistema - eles afetam (quase) tudo o que é carregado a partir do momento que seu sistema termina o estágio de inicialização do kernel (quando init
programa é executado com PID=1
).