Se você executou sudo init 6
no sistema dentro do VirtualBox e esse sistema tinha arquivos corrompidos, então não, init 6
não foi a causa disso. Existem muitas outras causas possíveis, que você pode / deve investigar.
Se você executou sudo init 6
no sistema operacional host, e o sistema dentro do VirtualBox teve corrupção do sistema de arquivos, então sim, init 6
foi a causa disso. Se você repentinamente reinicializar o sistema host, os virtuais não terão a chance de desmontar seus sistemas de arquivos e desligá-los adequadamente.