Nota : $CATALINA_HOME é onde o Tomcat está instalado.
Se o aplicativo for um arquivo WAR, solte-o em $CATALINA_HOME/webapps e o TC criará automaticamente o aplicativo da Web para você.
Se você tiver todo o conteúdo do aplicativo, deverá distribuir da seguinte forma:
O caminho da raiz do seu aplicativo: $CATALINA_HOME/webapps/newfolder
Defina seu arquivo web.xml aqui: $CATALINA_HOME/webapps/newfolder/WEB-INF
Coloque os arquivos de classe compilados aqui: $CATALINA_HOME/webapps/newfolder/WEB-INF/classes
Coloque as dependências aqui: $CATALINA_HOME/webapps/newfolder/WEB-INF/libs