Não importa que tenha encontrado a resposta, graças aos fóruns do FreeBSD . Isto é o que eu precisava no meu grub.cfg:
menuentry "FreeBSD" --class freebsd --class bsd --class os {
insmod zfs
insmod bsd
search -s -l zroot
kfreebsd /@/boot/zfsloader
kfreebsd_loadenv /@/boot/device.hints
}
Para deixar claro que eu tentei isso com sucesso, eu até tentei escrever um arquivo e reiniciar para verificar se ele não era apenas de leitura e o arquivo ainda estava lá e não tinha sido alterado pela reinicialização (nem mesmo suas permissões eram).