Se você especificar o user_config_dir em vsftpd.conf , poderá definir qualquer opção de configuração por usuário.
De man vsftpd.conf :
This powerful option allows the override of any config option specified in the manual page, on a per-user basis. Usage is simple, and is best illustrated with an example. If you set user_config_dir to be /etc/vsftpd_user_conf and then log on as the user "chris", then vsftpd will apply the settings in the file /etc/vsftpd_user_conf/chris for the duration of the session.
Portanto, definir local_root para o diretório desejado altera a raiz do FTP apenas para esse usuário.