Eles são animais muito diferentes.
O Ntop foi projetado para observar o tráfego da rede no nível do pacote nas interfaces. Ele só pode coletar informações de hosts que têm a capacidade de executar ntop e processar os pacotes.
O MRTG, por outro lado, coleta informações de uma variedade muito maior de fontes, normalmente por meio do SNMP, e de um número maior de dispositivos (porque quase tudo suporta SNMP). Mas, o tipo de informação disponível é menos exigente do que a análise detalhada de pacotes.
Então ... Você realmente precisa tentar ambos e decidir qual deles lhe dá a informação que você está procurando. E se você gosta de ambos, use os dois!