Se você tem um pouco de espaço livre (é barato hoje em dia, certo?), você pode fazer um rsync local de sua árvore de desenvolvimento para uma segunda cópia do projeto - uma árvore de "teste" - em sua caixa de desenvolvimento. Em seguida, execute as modificações de produção necessárias na árvore de teste e execute o rsync "real" da árvore de teste para o servidor de produção.
Você pode manter a árvore de teste em torno de uma velocidade extra de implantação ou excluí-la posteriormente para liberar espaço; depende de você.
Ou você pode manter a árvore de teste no servidor de produção. Nesse caso, você pode fazer apenas um rsync, fazer suas alterações e, em seguida, fazer algumas renomeações de diretório rápidas para que a árvore de preparação seja agora a árvore de produção e a árvore de produção antiga agora seja a árvore de preparação. Dessa forma, você nunca tem um site atualizado parcialmente em produção.