Parece que você acabou substituindo a versão do postgres do pgdg96 repo pelo amzn-updates repo. Ambos os pacotes são chamados postgresql96 , então yum / RPM achava que um era um substituto direto para o outro.
Além disso, embora o pacote antigo também tenha usado alternatives para selecionar o binário padrão psql , suspeito que o nome do grupo seja diferente. Talvez algo como pgsql-psql , em que o novo pacote usa o grupo psql . Então, na atualização, seu sistema viu isso como um novo grupo que você precisava configurar, e não uma atualização em um grupo existente. E também parece que o pacote amzn-updates não definiu um padrão e requer que você execute explicitamente alternatives para defini-lo.
É muito provável que isso aconteça novamente, a menos que você inclua na lista negra o pacote de um dos dois repos. Basta adicionar exclude=postgresql96* ao arquivo /etc/yum.repos.d/ do repo no qual você deseja desativá-lo.