Você deve sempre evitar a atualização usando -t stretch-backports , pois os backports não são um conjunto coerente de pacotes.
Para atualizar todos os pacotes do Mesa sem marcá-los como instalados manualmente, instale-os e, em seguida, desmarque-os:
sudo apt install -t stretch-backports $(grep-status -S mesa -a -FStatus "install ok installed" -s Package -n | sort -u)
sudo apt-mark auto $(grep-status -S mesa -a -FStatus "install ok installed" -s Package -n | sort -u)
Isso lista todos os pacotes instalados que vêm do pacote de fontes do Mesa, usando grep-status (parte do pacote dctrl-tools ), instala-os a partir dos backports e os marca como instalados automaticamente.