Se eu entendi a descrição de "VHD diferencial "corretamente, o equivalente em Linux é o sistema de arquivos de sobreposição .
Consiste em uma camada superior e uma camada inferior, onde a camada superior (contendo as "diferenças") é sobreposta na camada inferior (o "sistema de arquivos base"). Frequentemente, a camada inferior é somente leitura, e esta é uma maneira popular de gerenciar o sistema de arquivos raiz em sistemas embarcados, por exemplo, roteadores (onde a camada inferior é adicionalmente compactada).