Se você pausar o processo e retomar mais tarde, nada de ruim acontecerá. Contanto que nada mais escreva no arquivo de entrada ou saída no meio, a saída será uma cópia fiel do original.
Se você eliminar o processo de cópia, terminará com uma cópia parcial no arquivo de saída. Não faz sentido esperar: se você quiser cancelar a cópia, cancele-a assim que decidir e remova a saída parcial.
O arquivo de entrada nunca será afetado pela operação de cópia, exceto que seu registro de data e hora da última leitura pode ser atualizado.