Se o ruído de fundo tiver alguma estrutura repetitiva, você pode removê-lo com os efeitos noiseprof e noisered do sox, veja por exemplo este script . Bits relevantes repetidos por conveniência:
# Create background noise profile from mp3
/usr/bin/sox noise.mp3 -n noiseprof noise.prof
# Remove noise from mp3 using profile
/usr/bin/sox input.mp3 output.mp3 noisered noise.prof 0.21
O Audacity tem atualmente suporte experimental a scripts .