O problema é que gnome-shell precisa ser capaz de associar a janela ao arquivo .desktop. Em aplicativos que não usam a API GtkApplication (ou seja, a maioria dos aplicativos que não são do GNOME), isso é feito combinando o WM_CLASS da janela com o arquivo .desktop correspondente. Então você tem que mudar o nome do seu arquivo .desktop para coincidir com o WM_CLASS das janelas do aplicativo ou você tem que especificar uma chave StartupWMClass no seu arquivo .desktop que contém o WM_CLASS que deve ser correspondido a este arquivo .desktop. Você pode encontrar WM_CLASS de uma janela usando xprop e clicando na janela. É a segunda entrada na lista. Caso contrário, gnome-shell usa o ícone especificado pela própria janela, que provavelmente é o ícone de baixa resolução que você está vendo.

-ÍconemostradodepoisdeabriroprogramaenoAlt-Tab.