Apenas para o futuro, encontrei a solução mais rápida que envolve o parâmetro -R e adicionando um /./ antes da pasta da qual você deseja começar a criar.
Por exemplo:
$ rsync -aR /home/myuser/workspaces/project/./folder/file.txt [email protected]:/work
criará a pasta /work/folder/file.txt no servidor remoto.
Basta deixar esta resposta para uso futuro e para outras pessoas, já que foi muito difícil encontrá-la em outros sites.