Dependendo das ferramentas utilizadas e do sistema de arquivos usado, pode haver diferenças.
Do ponto de vista do aplicativo, fallocate
arquivos criados são geralmente cheios de zeros; seus tempos de medição serão distorcidos e eles serão ainda mais afetados se você estiver usando protocolos ou sistemas de arquivos que tenham compactação ou desduplicação incorporados, já que a quantidade de dados transferidos / gravados nunca refletirá as mesmas operações com um arquivo equivalente do mesmo tamanho criado por outros meios.
Também como Stéphane Chazelas aponta corretamente, os arquivos aparecem como contendo 0s porque as extensões são marcadas como "não escritas". Ao lê-los, o sistema retorna 0s sem sequer ler o disco.
Seria preferível usar arquivos .txt ou, melhor ainda, arquivos gerados com dados binários aleatórios.