A razão é que os desenvolvedores do kernel removeram o arquivo REPORTING-BUGS do código fonte do kernel e a ferramenta Ubuntu que você usou para compilar o kernel espera que o arquivo esteja lá.
Aparentemente, a maioria dos desenvolvedores de kernel não usa o make-kpkg, então eles não notaram ou não se importaram com o fato de terem quebrado a construção do pacote kernel-headers com o make-kpkg. O make-kpkg é afinal apenas a ferramenta de uma distribuição Linux específica e os desenvolvedores do kernel podem achar que nunca fizeram uma promessa de sempre ter um arquivo de documentação com esse caminho na árvore de código-fonte.
Como solução alternativa, basta copiar o arquivo dos fontes do kernel 4.9 para sua árvore para compilá-lo.