Algumas desvantagens que posso imaginar são:
- pacotes conflitantes: por exemplo, você está proibido de instalar
postfix
esendmail
no mesmo sistema Debian. - Pacotes que iniciam servidores por padrão (como
ntp
). Isso exporá servidores desnecessários nos sistemas que não requerem esses servidores. Claro, você pode desativá-los enquanto deixa o pacote instalado, mas parece mais arriscado e mais trabalhoso. - Falta de alguns pacotes em certas arquiteturas que impedem uma instalação totalmente unificada - você já pensou nisso.
- O espaço em disco apertado em sistemas menores (incorporados?) não pode acomodar todos os pacotes.
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