Neste momento, a ferramenta GUI e o DNF usam diferentes caches. Isso está sendo trabalhado, mas é um aborrecimento conhecido. Eles acabarão por entrar em sincronia. Você pode usar dnf --refresh para forçar o DNF a atualizar seu cache.
Durante uma sessão do Gnome, recebi uma notificação de atualização do Software Update, então mudei para um tty (nunca executei 'dnf upgrade' dentro de uma sessão X) para executar a atualização, mas o 'dnf upgrade' mostra que não há atualizações disponíveis. A interface de atualização de software mostra claramente uma versão superior para os novos pacotes, mas uma 'atualização de lista dnf' não os exibe.
Alguém pode me dizer o que estou fazendo de errado? A ferramenta GUI utiliza diferentes repositórios?