O deslocamento de 1MB foi escolhido porque é praticamente garantido que ele esteja alinhado, independentemente do armazenamento subjacente. Foi escolhido pela primeira vez quando os discos magnéticos mudaram para setores 4KiB. Mas alinhado está alinhado, e isso não deveria importar.
Hora da história!
Quando eu tive que fazer meus primeiros discos 4K funcionarem em matrizes antigas, eu começava a partição no setor 56 (vs. o tradicional 63), porque mudar para o setor 64 não era possível: então a partição não funcionaria. Não seja grande o suficiente para se juntar à matriz RAID. Em uma tabela de partições do DOS, isso tirou algum espaço usado para o GRUB, mas felizmente eu ainda tinha o suficiente. Mais tarde, ao obter discos maiores, mudei para o setor 2048. O disco é maior, portanto, as partições ainda podem ser grandes o suficiente para unir as matrizes RAID. Naturalmente, ter os discos em um sistema diferentes adiciona o trabalho do sysadmin - mas, bem, tal é a vida. (Felizmente, consegui retirar a maioria desses sistemas).
1MB de espaço em um disco magnético multi-TB não é perceptível. Também não é em um SSD de muitas centenas de GB. Eu confesso que faz me irritar um pouco por estar perdendo espaço - quer dizer, eu cresci na época em que 120MB era um enorme disco rígido, e o sistema operacional cabia em um disquete. 1MB !? Isso é todo um sistema operacional!
Ele tem uma enorme vantagem: está alinhado para discos 4K, está alinhado para SSDs (que têm um tamanho de bloco físico de pelo menos 64 KiB), é razoavelmente fácil de fazer alinhamentos de riscas em uma matriz e provavelmente estará alinhada em toda tecnologia de armazenamento razoável por um bom tempo.
Mas se você tem um único disco, realmente não há desvantagens, exceto estar fora do padrão (por exemplo, se eu estivesse tentando recuperar dados de um disco depois de uma tabela de partição perdida, eu verificaria a partição começando em 2048 primeiro.)
E quanto a você outra alternativa: uma inicialização não alinhada não é realmente um grande negócio. As leituras podem ser um pouco mais lentas e escrevem muito mais devagar, mas nem sempre acontecem muitas vezes para perceber. No entanto, uma partição de 64MB / boot é muito pequena, eu não iria menos de 256MB. Até mesmo um initrd direcionado (em oposição ao genérico) é ~ 5MB, outro ~ 4MB para o kernel, e você está rapidamente fora de um espaço após algumas atualizações (a menos que você tenha rotina sobre expurgar kernels antigos). Inicialização EFI, porém, deve ser OK, contanto que você não esteja colocando kernels / initrds lá.