xdotool (1) pode fazer isso. Para renomear a janela que você clicar em seguida:
xdotool selectwindow set_window --name "new name"
Para encontrar uma janela com base no nome atual, renomeie:
xdotool search --name "old name" set_window --name "new name"
No entanto, isso não vai durar por qualquer aplicativo (como o Firefox) que continue atualizando seu próprio nome. A maneira de evitar isso será específica para cada aplicativo.