Isto tem a ver com o fato de que a migração do Debian para o systemd não foi feita com perfeição para o Debian Jessie. Como o Raspbian é baseado no Debian, ele tem os mesmos problemas. O problema é que nem todas as tarefas em rcS.d têm uma unidade systemd correspondente e que os scripts init em níveis de execução posteriores ainda esperam que tudo em rcS.d tenha sido executado no momento em que eles forem executados. Para garantir que esta suposição seja válida, os pacotes systemd no Debian adicionam uma unidade 'sysinit', que depende de tudo em rcS.d, e da qual tudo em runlevels posteriores depende (direta ou indiretamente).
Infelizmente, essa solução alternativa retém conceitos que o systemd não conhece e, como resultado, isso pode levar a dependências circulares, como você pode ver aqui. Uma meta de lançamento para o próximo lançamento do Debian é se livrar dessa solução e dos problemas que ela causa.
Para você, pessoalmente, não há muito o que fazer. Você pode ajustar as dependências se quiser, mas a menos que cause problemas com serviços que não sejam iniciados corretamente, eu não faria isso. Se ele causar esses problemas, provavelmente será melhor arquivar um bug do que consertá-lo, já que você não seria o único a ter esses problemas ...