As pastas em /mnt/config/.data e /mnt/config/.work contêm suas alterações. Você pode movê-los para criar novos. Desmonte a sobreposição e remonte-a com um diretório superior limpo:
umount /etc
mv /mnt/config/.data /mnt/config/.data.old
mv /mnt/config/.work /mnt/config/.work.old
mkdir /mnt/config/.data
mkdir /mnt/config/.work
mount -t overlay etc_overlay -o lowerdir=/etc,upperdir=/mnt/config/.data,workdir=/mnt/config/.work /etc
Todas as suas alterações na sobreposição antiga serão encontradas em /mnt/config/.data.old
, se você precisar delas. /mnt/config/.work.old
deve estar vazio à parte da pasta de trabalho, se desmontado corretamente.