O comando horrível:
script -q -f -c "pocketsphinx_continuous -samprate 48000 -nfft 2048 -hmm /usr/local/share/pocketsphinx/model/en-us/en-us -lm 9745.lm -dict 9745.dic -inmic yes -logfn /dev/null" words.txt &
funciona para mim, registra:
READY....
Listening...
HELLO
para o arquivo, e é fácil eliminar as coisas indesejadas.
EDITAR:
Se alguém estiver fazendo isso no futuro, remova o &
no final desse comando se você estiver executando-o em um console, se estiver executando-o via Python ou outro idioma, mantenha o &
no final.