O alinhamento é importante em partições contendo dados, a fim de maximizar a chance de que as operações de blocos correspondam à estrutura de blocos subjacente (4K em discos rígidos modernos, mais do que em unidades baseadas em flash).
Partições estendidas não contêm dados, elas são simplesmente contêineres para partições lógicas. A única operação que é feita em partições estendidas é a leitura do único setor de 512 bytes que define as partições lógicas e as grava ao modificar a estrutura da partição lógica (então, quase nunca). Como essa operação envolve apenas um único setor, ela nunca pode corresponder a um tamanho de bloco maior, portanto, qualquer gravação será abaixo do ideal e não há como melhorar isso. O alinhamento da partição estendida em si não afeta o possível alinhamento das partições lógicas que ela contém, portanto não há necessidade de alinhá-la.