Você não pode consultar a variável awk dentro da expressão regular /regex/ .
Se você quiser verificar o prefixo, POSIXly, use index() function:
FN="fileA_someprefix_20160101.txt" awk 'index(ENVIRON["FN"], $1) == 1' <file
Das especificações POSIX para awk :
index(s, t)
Return the position, in characters, numbering from 1, in string s where string t first occurs, or zero if it does not occur at all.