No que diz respeito às questões mencionadas na questão (note que, embora essas soluções possam ajudar a identificar algumas questões, elas são limitadas na eficiência e certamente não são suficientes para avaliar a infalibilidade de um PDF - ver comentários):
Resolução e espaço de cores
Para imagens incorporadas:
$ pdfimages -list example.pdf
page num type width height color comp bpc enc interp object ID x-ppi y-ppi size ratio
--------------------------------------------------------------------------------------------
1 0 image 2244 2244 cmyk 4 8 image no 215 0 301 301 418K 2.1%
2 1 image 900 600 rgb 3 8 image no 324 0 1524 1525 35.5K 2.2%
No Debian (Wheezy) e no Fedora (23), pdfimages é parte de poppler-utils packages.
Para o espaço de cores, também é possível procurar DeviceRGB e DeviceCMYK dentro do PDF (como um documento de texto). É um pouco mais ofuscado, mas permitirá identificar, e. PDF incorporado, que pdfimages não irá.
Sobreimpressão
Pode-se procurar /OP , /op e /OPM strings na origem do PDF. Consulte a seção 11.7.4.5 Resumo do comportamento de impressão em excesso do especificação do PDF para mais detalhes.
O inconveniente destes métodos (particularmente escavar através do PDF) é que a identificação de objetos pode não ser simples.