Não tenho 100% de certeza de que isso resolverá seu problema, mas tive o mesmo problema e, em um primeiro momento, vi uma ideia de este tópico parece ter melhorado as coisas.
Para citar a resposta relevante nesse tópico.
My solution was:
If you have Compiz enabled (as in Unity by default):
sudo apt-get install compizconfig-settings-manager
Then, in Control Center: Personal / CompizConfig Settings Manager check Utility / Workarounds / Legacy Fullscreen Support.