O problema está na sua variável var
. Se você quiser manter, prefira atribuí-lo a um array.
Código:
#!/bin/bash
var='echo A_B_C_D_*.csv | grep -oP '(?<=_)\d+(?=\.)''
arr=($var)
for i in "${arr[@]}"
do
awk -F, '{for(i=1;i<=NF;i++){A[NR,i]=$i};if(NF>n){n=NF}}
END{for(i=1;i<=n;i++){
for(j=1;j<=NR;j++){
s=s?s","A[j,i]:A[j,i]}
print s;s=""}}' A_B_C_D_$i.csv > /some/path_to/dest/A_B_C_D_$i.csv
done