Você não precisa de .* com find e o espaço entre . e * costuma ser um erro, pois o * expandirá para cada entrada no diretório atual e informará find para usar isso como um caminho para pesquisar. É também por isso que o seu outro find às vezes mostra arquivos duas vezes. Se o j$(pwd) realmente corresponder a um arquivo, ele também será correspondido por * .
Assim, a sua exclusão provavelmente será melhor:
find . -mtime +100 -delete
Embora você queira fazer isso com -print para ter certeza de obter o que deseja antes de excluí-los, é claro.