Conforme você preenche a memória com aplicativos, vários caches de block / filesystem são retirados da mesma memória. Esses caches são cruciais para a rápida procura de arquivos e outras coisas. Quando não há espaço para caches, o kernel tentará procurar todas as informações diretamente do sistema de arquivos, o que é extremamente lento e, portanto, causará um alto IO (mais como um gargalo).
Para resolver isso, adicione mais memória ou crie um arquivo de swap ou partição.