Não, o problema não é com a codificação. Você não parece seguir os pré-requisitos para a tela, conforme mencionado na man page:
Certain interactive commands, such as vi(1), create garbage in the type‐
script file. Script works best with commands that do not manipulate the
screen, the results are meant to emulate a hardcopy terminal.
Você tem todo tipo de coisa provavelmente resultante de um prompt complexo. Defina seu prompt
PS1="$ "
para evitar isso de escrever lixo.