Não ./prog | sort | uniq > out2 faz o que você quer? Ou mesmo ./prog | sort -u > out2 se o seu sort for compatível ...
Para ver linhas únicas conforme elas saem sem classificar a saída, você pode usar uma matriz associativa com awk :
./prog | awk '!(count[$0]++)'
Como apontado por Stéphane Chazelas , sort limita seu uso de memória usando arquivos temporários; a solução awk não, portanto, se o uso da memória for uma preocupação, talvez não seja apropriado.