Isso é normal, você provavelmente "girou" o log sem reiniciar, então o processo (qualquer processo realmente) manteria o descritor aberto.
Use postrotate
ou copytruncate
. Isso é muito popular:
postrotate
kill -USR1 'cat /var/run/nginx.pid' &>/dev/null
endscript
o sinal USR1
informa às nginx para recarregar os arquivos de log ( liberando assim os descritores)