Você precisa ter o seguinte bloco na frente do seu arquivo:
### BEGIN INIT INFO
# Provides: scriptname
# Required-Start: $remote_fs $syslog
# Required-Stop: $remote_fs $syslog
# Default-Start: 2 3 4 5
# Default-Stop: 0 1 6
# Short-Description: Start daemon at boot time
# Description: Enable service provided by daemon.
### END INIT INFO
Certifique-se de personalizar isso de acordo com suas necessidades.
Para mais informações, consulte a página wiki do Debian LSB Init Scripts .