Essas duas opções fazem o mesmo, elas fazem o diretório para onde o arquivo deve ser criado. Se você não especificar nenhuma dessas opções e o diretório onde um arquivo será criado não existir, cpio
apresentará um erro.
cd /tmp
mkdir -p test1/a
cd test1/a
touch x1 x2
find . | cpio -pmv ../b
Dá um erro: cpio ../b/./x1 Cannot open: No such file or directory
Considerando que:
find . | cpio -pmv --make-directories ../b
irá realmente criar /tmp/test1/b
e copiar os arquivos lá. Você poderia, é claro, ter feito esse único diretório manualmente, mas se você estiver copiando uma hierarquia de diretórios complexa que não é viável.