Aqui está um exemplo rápido usando o comando 'convert':
$ ls
files.txt TEST.pdf
TEST.pdf
é um Adobe PDF que obtive de aqui . É apenas um exemplo que usei para preencher o resto dos seus nomes de arquivos.
Os nomes dos seus arquivos estão em files.txt
$ cat files.txt
file.1111111_1.pdf file.1111111_2.pdf file.2222222_1.pdf file.2222222_2.pdf file.1234567_1.pdf file.1234567_2.pdf file.aaaaaaa_1.pdf file.aaaaaaa_2.pdf file.abcdefg_1.pdf file.abcdefg_2.pdf
Usando este arquivo, eu gero meus dados de teste:
$ for i in $(<files.txt); do cp TEST.pdf $i; done
$ ls
file.1111111_1.pdf file.1234567_1.pdf file.2222222_1.pdf file.aaaaaaa_1.pdf file.abcdefg_1.pdf files.txt
file.1111111_2.pdf file.1234567_2.pdf file.2222222_2.pdf file.aaaaaaa_2.pdf file.abcdefg_2.pdf TEST.pdf
Agora podemos percorrer todos os arquivos que correspondem à estrutura do seu nome. Em seguida, coloque-os em um subdiretório apropriado. Em seguida, usamos o comando 'converter' para mesclar esses PDFs em um único arquivo.
$ for pdf in $(ls *.*_*.pdf); do base=$(echo $pdf | cut -d_ -f1) ; \
[[ -d $base ]] || mkdir $base ; mv $pdf $base/ ; \
convert $base/*_*.pdf $base/$base.pdf ; done
$ ls
file.1111111 file.1234567 file.2222222 file.aaaaaaa file.abcdefg files.txt TEST.pdf
$ ls file.1111111/
file.1111111_1.pdf file.1111111_2.pdf file.1111111.pdf
file.11111111.pdf
no subdiretório é seu arquivo mesclado.