Para recuperar /usr/share/apache2/default-site/index.html , você precisa reinstalar apache2-data . Dada a sua situação atual, tente
sudo apt-get purge apache2-data
sudo apt-get install apache2
Presumivelmente, seu sistema acabou nesse estado porque apt-get autoremove não desinstalou apache2-data , mas seu rm -rf removeu os arquivos contidos nele. Então apt-get install apache2 acharia que apache2-data ainda estava instalado e não precisou ser reinstalado, mas seus arquivos foram eliminados ...