Para remover os pontos após o mais à direita ] :
sed -e :1 -e 's/\(][^]]*\)\.\([^]]*\)$//;t1'
Ou:
awk -F']' -vOFS=']' 'NF>1 {gsub(/\./,"",$NF)};1'
Ou:
perl -pe 's/.*\]\K.*/$&=~s|\.||gr/e'
Para remover após ] , independentemente de haver outros ] à direita.
sed -e :1 -e 's/\(].*\)\.//;t1'
Ou:
perl -pe 's/.*?\]\K.*/$&=~s|\.||gr/e'