Seu script não funciona porque ^
introduz uma seqüência de caracteres de controle. O^A
de dois caracteres% preenche um caractere Ctrl + A , que o bash interpreta como o comando para ir ao início da linha. Você precisa usar \^
.
screen -p 0 -S mc -X stuff 'cd /home/server/Desktop/ServerSoftware/Minecraft/modpacks\^AgrarianSkiesHQ\^3_1_1\^AgrarianSkiesHQServer^M'
screen -p 0 -S mc -X stuff './ServerStart.sh^M'
Não consigo encontrar nenhum registro no changelog da tela mostrando que esse comportamento mudou, mas se o seu script funcionou em uma máquina mais antiga, ele deve ter.