If I suspend my OS (Ubuntu 12.04) in the middle, will the process of the running program be killed?
Geralmente não, mas há algumas exceções a isso, por exemplo, se ssh conexões tiverem expirado, elas morrerão quando você retomar.
Eu também notei ocasionalmente um estranho com um processo de servidor que usa epoll() em um soquete não-bloqueador (não sei se isso é relevante) sendo morto pelo kernel se a suspensão acontece em algum momento estranho durante a votação. Sendo assim, não é impossível que coisas assim aconteçam, mas geralmente é bem sem graça.
when I wake up my OS, how can I resume the process?
Os processos devem continuar junto com o sistema operacional.