Após a investigação (veja os comentários na pergunta), parece que os arquivos "corrompidos" estavam de fato vazios. Isso pode acontecer quando um programa de download cria as entradas no sistema de arquivos, mas falha antes de ter baixado seu conteúdo.
Para procurá-los no diretório atual e em seus subdiretórios e movê-los para um diretório chamado trash
em seu diretório pessoal, por exemplo, você pode usar o comando find
.
find . -name '*.pdf' -size 0 -exec mv -t ~/trash {} \+