Desde que você evite os "arquivos de sistema" do Windows, você deve estar seguro o suficiente.
Se você está preocupado em colocar em risco a sua instalação do Windows e só precisa acessar a partição do Windows do Ubuntu, você sempre pode montar a partição do Windows somente leitura.
Como root , abra o arquivo /etc/fstab e procure a linha responsável por montar sua partição do Windows. Você deseja editar o quarto campo (opções de montagem). Isso provavelmente terá o valor defaults . Basta alterá-lo para defaults,ro , onde ro significa "somente leitura".
O item acima entrará em vigor na próxima reinicialização. Para torná-lo efetivo na sua sessão atual, você pode fazer isso:
sudo mount -o remount,ro /path/to/windows
Veja também
- Fstab HOWTO do Wiki da Ajuda da comunidade Ubuntu
- página man fstab (5)
- página man mount (8)