Não é muito rápido, mas é o que eu faço:
Você pode usar avconv (ou ffmpeg , com uma sintaxe ligeiramente diferente da que está abaixo), primeiro abra o arquivo em qualquer player, use a hora no ponto inicial, depois a hora no ponto final, e depois em um terminal:
avconv -ss 0:01:00 -i source.mp4 -codec:a copy -codec:v copy -t 00:02:00 a.mp4
Para ffmpeg , precisa fazer algo assim:
ffmpeg -ss 0:01:00 -i source.mp4 -acodec copy -vcodec copy -t 00:02:00 a.mp4
Isso vai procurar ( -ss hh:mm:ss ) um minuto no vídeo e, em seguida, cortar ( -t hh:mm:00 ) dois minutos.
O uso de -codec:a copy -codec:v significa copiar os fluxos de áudio e vídeo, para que não ocorra recodificação.
Observe que -ss procura a origem, portanto, precisa estar antes de -i , enquanto -t pára de contorcer a saída após um determinado período, portanto, precisa ser posterior a ela.