Com o GNU sed
você pode fazer algo como:
sed '/^\input{\(.*\)}$/{s///;s/'\''/&\&&/g;s/.*/cat<'"'&'/e}"
(isto é, crie um comando cat<'the-file'
(escapando as aspas no nome do arquivo, se necessário) e use o e
do comando s
(que é específico do GNU) para avaliar esse comando).