De esta pergunta sobre a U & L e, por extensão, a documentação do Okular , você poderá fazer isso usando File
- > Save As
para salvar uma cópia do documento anotado como PDF.
Cito a parte relevante da documentação:
Since Okular 0.15 you can also save annotations directly into PDF files. This feature is only available if Okular has been built with version 0.20 or later of Poppler rendering library. You can use File → Save As... to save the copy of PDF file with annotations.