Em uma situação semelhante no Ubuntu, eu apenas instalei o pacote (repetidamente) necessário e removi os arquivos individuais posteriormente, com base na lista de arquivos instalados que o gerenciador de pacotes me contou. Apenas certifique-se de que nada da sua própria instalação seja sobrescrito.
A única coisa que eu encontrei ao longo do tempo é que alguns pacotes usam seus scripts de instalação para gerar dados adicionais que obviamente não estão na lista de arquivos do pacote.